Historia del Museo
El Colegio Sanangelino fue escenario de algunos problemas como la llamada Guerra de las Patentes entre los mismos religiosos, la disputa con el ayuntamiento por el pago de diezmos sobre las rentas de la huerta y el estallido de la Guerra de Independencia.
A partir del siglo XIX la orden de los carmelitas fue sufriendo una serie de catástrofes, ya que el decreto de expulsión de españoles de 1828 afectó significativamente a la orden carmelita, y como la mayor parte de sus integrantes eran de origen español, el colegio quedó tan despoblado que tuvo que designarse un presidente en vez de un rector.
En 1833 con las disposiciones liberales de Valentín Gómez Farías se mermaron las rentas del colegio.
Entre 1847 y 1848, la ocupación de San Ángel por las tropas norteamericanas acarreó la destrucción de partes del edificio, el saqueo de muchos de sus bienes, y la tala y quema de árboles en la huerta.
En 1856 fray Rafael del Sagrado Corazón, el entonces rector, se vio en la necesidad de fraccionar y vender parte de la huerta ante el embate liberal.
La aplicación de las leyes de exclaustración de las órdenes religiosas y de la nacionalización de los bienes del clero surtió efecto en San Ángel en enero de 1601, tras el triunfo de las tropas liberales sobre las conservadoras en la Guerra de Reforma. La huerta se enajenó, el templo escapó de ser demolido y el colegio se disputó entre los ayuntamientos de México y San Ángel.
Para 1874 Manuel Payno consigue que el colegio de San Ángel sea entregado al ayuntamiento de San Ángel. No obstante, porciones importantes del edificio fueron vendidas a un particular en 1891 tras la destrucción de otras ,como consecuencia de la prolongación del Ferrocarril del Valle hasta Tizapán.
Finalmente la parte medular del colegio fue entregada a la Secretaría de Educación Pública en 1921.
En 1929 nace el Museo de El Carmen, después de que la opinión pública se centrara en este pueblo durante el juicio a los asesinos de Álvaro Obregón. En 1939, cuando surge el Instituto Nacional de Antropología e Historia se le entregó esa parte del inmueble en custodia, tal y como hasta la fecha lo mantiene.
Actualmente el Museo de El Carmen ha abierto espacios que estaban en desuso para poder mostrar una de las pinacotecas coloniales más importantes de México, teniendo como exhibición permanente "El Silencio de los Carmelitas" que muestra la historia de la orden desde sus orígenes, sus fundadores y sus reformadores, todo ello con obras pictóricas, escultóricas, documentos, muebles, y muchos otros elementos.